現在はATOK 2007を使用していますが、いつの間にか [Shift]＋[英字] で（全角ではなく）半角のアルファベットが入力されてしまうようになっていました。
しばらく検索していたら、以下のMSN相談箱に解決方法が。
http://questionbox.jp.msn.com/qa1249251.html?StatusCheck=ON
なにかアルファベットの単語を打ち込んで [F9] か [Ctrl]＋[P] で全角変換してから確定すれば、次回の入力からは元に戻ります。
ふだん半角という場合は、その反対で [F8] か [Ctrl]＋[O] で半角変換してから確定です。
